Linuxin, BSD-varianttien ym. UNIX-sukulaisten kanssa kivaa on, että niitä pystyy "helposti" konfiguroimaan käyttötarkoituksen mukaan. Macissa tuo konfigurointivara on kapeampi. Esimerkiksi mailiserveri, jossa käytetään Maildir-bokseja, konfiguroidaan tiedostojärjestelmänsä osalta ihan eri tavalla kuin videoeditoinnissa käytettävä kone. Apple/HFS Plus yrittää selvitä samoilla vakioasetuksilla molemmista, eikä välttämättä onnistu kummassakaan parhaalla mahdollisella tavalla.
ZFS on toki teknisesti upea systeemi, mutta siinäkin on jokseenkin raivostuttavia puutteita, jotka juontavat juurensa jo suunnittelupöydälle: ZFS on suunniteltu ensisijaisesti palvelimiin, joissa on 64bit prosessorit ja gigakaupalla muistia. Esimerkiksi RAID-Z tai RAID-Z2 -levyryhmästä ei voi poistaa tai lisätä levyjä lennosta, ja mirror-poolista ei voi muuttaa RAID-Z:ksi. Palvelimissa ja tallennusjärjestelmissä tämä ei ole kovin huomattava puute, koska uuden levypoolin tekeminen on halpaa, snapshotien ja zfs sendin avulla suuren osan datasta voi siirtää taustalla jolloin käyttökatkos on lyhyt, jne. Mutta esim. Mac Pro -koneessa, jossa on neljä sisäistä levypaikkaa, ei ole mahdollista siirtyä kahden levyn mirror-poolista kolmen tai neljän levyn RAID-Z:taan ilman, että kaikki data kopioidaan ensin ulos ja myöhemmin uuteen pooliin sisään.
Toki ZFS kehittyy koko ajan, ja on mahdollista että em. migraatiomurheet siirtyvät joku päivä historiaan.
ZFS on tulossa OS X:ään, ja tulevassa serverissä se on mukana vakiona. Nykyiset fatzap-toteutuksen takia se ei vielä käy ongelmitta korvaamaan työpöytäkoneiden HFS Plussaa. Toiveissa ollaan, että tuohonkin saadaan parempi toteutus. Time Machinen toteutuksen ansiosta migraatio HFS:stä ZFS:ään on käyttäjän kannalta suht helppoa, jos/kun sen aika tulee.
Tiedostojärjestelmien vertaileminen on helvetin vaikeaa, koska jokaisessa tiedostojärjestelmässä on omat tradeoffinsa. Jopa FATissa on hyviä puolia, joita ei muilla ole: se on ainoa tiedostojärjestelmä, jota jokseenkin kaikki käyttöjärjestelmät tukevat vakiona.
Melkoisen suuri osa TV-ohjelmista, elokuvista ja musiikista jalostetaan julkaisukuntoon Mac-koneilla. HFS Plus (noh, isoimmissa ympyröissä kylläkin Applen Xsan) riittää näille käyttäjille, joten eiköhän se riitä myös meille norminäppäilijöille.