Hunajassa on noin 180 erilaista aineyhdistettä. Pääainesosat ovat erilaiset sokerilajit, joita on lähes 30. Hunaja sisältää keskimäärin 38 % hedelmäsokeria, 32 % rypälesokeria, 1,5 % ruokosokeria ja 7,5 % muita sokerilajeja sekä 17 % vettä. Muita ainesosia on ainoastaan 3 %, mutta niillä on hunajan terveydellisten vaikutusten kannalta suurin merkitys. Niihin kuuluvat entsyymit, hivenaineet, hapot, aromiaineet ja vitamiinit.